El museo está situado en la localidad de Alto Jahuel, comuna de Buin, en medio de la Viña Santa Rita, tradicional viñedo del valle del río Maipo. Al pie de la cordillera de los Andes y próximo al antiguo trazado del Capac Ñam o Camino del Inka, forma parte de un valioso conjunto patrimonial que incluye las antiguas casas, parque y bodegas de la viña, Monumento Nacional.

El edificio, de 1.400 metros cuadrados, fue elegido por concurso y es obra de los arquitectos Jaime Burgos y Mariano Campos. Fue proyectado como un volumen contemporáneo inserto armónicamente en el paisaje, junto a las bodegas de Santa Rita, la casa colonial de Doña Paula Jaraquemada, el fondo siempre verde del parque, y el entorno de los viñedos. Su fachada de piedra alude a la presencia del Inka en Chile, en contrapunto con la escultura de una clava Mapuche, obra de Vicente Gajardo. Un hall abierto al entorno contrasta con la intimidad de las salas, donde todo el protagonismo corresponde a los objetos.