El diseño interior del museo fue realizado por José Pérez de Arce, que priorizó la belleza sobre otras consideraciones. Con la colaboración de Ramón López en iluminación, Luis Solar en montaje y Alfredo Irarrázaval en mobiliario, organizó la exhibición permanente en dos naves, con un guión que recorre territorialmente Chile, de norte a sur. En la primera nave, la visita se inicia en la región de Arica y concluye en Chile Central, con recintos adicionales dedicados a Isla de Pascua y a textilería y orfebrería americana. En la segunda nave la visita continua con cultura Mapuche y Mestizaje, y concluye con el mundo Ecuestre Campesino. Todo el recorrido cuenta con textos referidos a las culturas que se exhiben, realizados en castellano e inglés por profesionales del Museo Chileno de Arte Precolombino.