El Museo Andino consideró en su propuesta, desde el inicio, la realización de exposiciones temporales. Para esta finalidad destinó en su edificio una nave de 210 metros2 de superficie, en la que se han presentado variadas muestras, vinculadas a los objetos, materialidad, historia y temática que desarrolla la colección permanente, y a la cultura y el arte en general. Las exposiciones temporales, como el resto de las actividades del museo, están acogidas a la Ley de Donaciones Culturales